12.000 Jahre nach ihrem letzten Zusammenstoß mit der Menschheit kehren die Schattenengel zurück, um die menschlichen Städte anzugreifen und ihre Bewohner zu entführen. Auf der Suche nach der Reinkarnation von Apollonius, einem Schattenengel, der sich gegen seine eigene Art wandte, um die Menschen zu beschützen, trifft Silvia de Alisia auf Apollo, ein rücksichtsloses und animalisches Waisenkind aus Arc City, dem es irgendwie gelingt, das wahre Potenzial der größten Waffe der Menschheit, des mechanischen Engels Aquarion, zu erschließen.
Als Episodentitel: "Memories of Heavenly Wings"